Eesti Kennelliidu kõrgeim juhtorgan on üldkoosolek. Üldkoosoleku moodustavad kõik Eesti Kennelliidu liikmed. EKL üldkoosolek valib EKL volinike koosoleku, mis omakorda valib EKL juhatuse. Kõik valimised toimuvad EKL valimiste reglement.